Hřbitov byl založen asi v 16. století. Jižní část byla asanována kvůli stavbě Dolního nádraží v Libni v roce 1875, severní část poškodila stavba nájezdu na libeňský most ve 20. letech 20. století. Největší část s cennými náhrobky ze 17. století byla bezdůvodně zasypána roku 1964. Dochována část ohradní zdi.
Hřbitov byl založen roku 1892. Pohřby se zde konaly do roku 1975. Bývalá obřadní síň s bránou je nyní využita jako hostel. Plocha hřbitova byla zmenšena kvůli výstavbě sportovního hřiště. Hřbitov byl restaurován před rokem 1985.
