Datum založení hřbitova není známé. Podle různých zdrojů vznikl v 16. nebo 18. století, patřil židovským obcím Wieliczka a Klasno, a do roku 1877 ho využívali ho i Židé žijící v krakovském Podgórze. V meziválečném období byl hřbitov obehnán kamennou zdí., v rohu hřbitova se nacházela márnice. V roce 1938 byl hřbitova rozšířen, nová část byla obehnán vysokou betonovou zdí.
12. nebo 13. září 1939 byla na hřbitově pohřbena těla 32 židovských obyvatel Wieliczky zastřelených ve vesnici Pawlikowice. Od 27. srpna 1942 v následujících měsících Němci na hřbitově zabili několik stovek Židů zajatých při a po likvidaci ghetta. Těla obětí byla pohřbena na místě popravy, v hromadných hrobech. Pravděpodobně v 80. letech 20. století postavili Židé z Wieliczky, kteří přežili holocaust, nad hromadným hrobem pomník.
V současné době se na hřbitově dochovalo asi 100–150 náhrobků, včetně betonových zdí, hrobek, včetně asi 30 stél s čitelnými nápisy, z nichž nejstarší je z roku 1822. Fragmenty zdi jsou dosud viditelné. U vchodu na hřbitov je umístěna informační tabule a pomník v podobě kamenného bloku s Davidovou hvězdou.
